Preanalytika-molekulární biologie

Podrobnější informace o preanalytických podmínkách pro molekulárně biologická vyšetření jsou uvedeny u jednotlivých metod úseku molekulární biologie.

Humánní genom

Příjem vzorků

Vzorky pro molekulárně biologická vyšetření – analýza deoxyribonukleové kyseliny (DNA) a ribonukleové kyseliny (RNA) jsou přijímány v pracovní dny od 7.00 do 15.00 hod

Pro vyšetření požadujeme vždy samostatně odebrané vzorky, které nejsou určené i pro jiná vyšetření.

Obecné pokyny pro odběr biologického materiálu k molekulárně biologickému vyšetření humánního genomu:

• venózní nesrážlívá krev - fialová zkumavka s EDTA (2 - 5 ml, pro BCR-ABL analýzu se používá 6 - 10 ml EDTA krve)
• vzorek kostní dřeně ze sternální punkce ve stejném typu zkumavky (minimálně 0,3 ml)
• plodová voda
• kultivované amniocyty,
• histologický materiál
• alternativně bukální stěr, ostříhané nehty nebo jiný materiál (odběry jiných materiálů je možné konzultovat s VŠ úseku molekulární biologie )

Odběr, transport a stabilita

• DNA: stabilita DNA do 72 hodin, uchovávat v chladu, pro analýzu DNA je možno materiál zamrazit, transportovat v chadícím boxu.
• RNA: stabilita RNA je velmi nízká, maximálně přípustná doba transportu pro analýzu RNA se udává 24 hodin. Materiál pro RNA analýzu se nesmí transportovat ani uchovávat zamražený! 
• k vyšetření zárodečného genomu je nutný informovaný souhlas pacienta nebo jeho zákonného zástupce, bez něhož nebude provedeno vyšetření a vydán výsledek. Bližší informace jsou uvedeny na druhé straně žádanky pro vyšetření lidského genomu
• vzorek musí být vždy opatřen žádankou pro molekulárně biologická vyšetření (MB) nebo průvodním listem. Materiál a žádanka musí být jednoznačně čitelně identifikovány (rodné číslo, jméno, příjmení, diagnóza, datum a čas odběru, adresa žadatele včetně IČP, telefon a požadovaná vyšetření) dle všeobecných pokynů, vhodné je i vyplnění doplňujících informací na druhé straně MB žádanky
• při označení vzorku a žádanky STATIM je vyšetření provedeno v co nejkratším možném čase. U těchto vzorků je nezbytná předchozí telefonická konzultace s VŠ pracovníkem úseku (Mgr. Markéta Gančarčíková, tel. 495 833 297, doc. PharmDr. Beránek, Ph.D tel. 495 833 040, Mgr. Ruszová tel. 495 833 348).

Podrobnější informace (odběr, stabilita, transport, preanalytická fáze, doba odezvy, atd.) týkající se jednotlivých vyšetření jsou uvedeny na tomto webu u jednotlivých metod. 

Extrahumánní genom

Příjem vzorků

Vzorky pro molekulárně biologická vyšetření – extrahumánní genom jsou přijímány 24 hodin denně na příjmu materiálu ÚKBD (2. poschodí budova FN č. 22). Pro vyšetření požadujeme vždy samostatné vzorky odebrané asepticky, tzn. analýzy není možné provádět ze vzorků určených i pro jiná vyšetření.
Vzorky pro molekulárně biologická vyšetření – extrahumánní genom jsou přijímány 24 hodin denně na příjmu materiálu ÚKBD (2. poschodí budova FN č. 22).

Výjimku tvoří:

1. vzorky pro vyšetření DNA Mycobacterium TBC a DNA atypických mykobakterií, které je nutné zaslat na příjem materiálu ÚKM. Zde je provedena předúprava vzorků (solubilizace materiálu) a následně jsou materiály předány k vyšetření na ÚKBD,
2. vyšetření stolice na CDI (při negativitě toxinů A a B a pozitivitě klostrídiového antigenu je provedeno vyšetření přítomnosti genů pro toxiny ze stejného vzorku stolice)
3. zpracování stolice pro rozlišení améb je prováděno v laboratoři úseku parazitologie a poté předáno na úsek molekulární biologie. Kultivačně negativní vzorky nebo kmeny k identifikaci jsou zasílány z úseku bakteriologie po telefonické domluvě,
4. v době epidemie statimové vyšetření chřipky A a B po pracovní době a o víkendu.

Pro vyšetření požadujeme vždy samostatné vzorky odebrané asepticky, tzn. analýzy není možné provádět ze vzorků určených i pro jiná vyšetření

Obecné pokyny pro odběr biologického materiálu k molekulárně biologickému vyšetření extrahumánního genomu:

• krev (nesrážlivá - odběr do EDTA 2 – 5 ml; srážlivá krev 5 ml nebo 1 ml odděleného séra)
• moč - 5 – 10 ml do sterilní zkumavky
• likvor - 0,2 – 1,5 ml do sterilní zkumavky
• sputum, BAL a jiné vzorky z dýchacích cest - 2 – 5 ml do sterilní zkumavky
• stěr, výtěr - suchý sterilní tampón, sterilní výtěrovka, vždy BEZ MÉDIA, transportovat ve sterilní zkumavce
• stěr z nosohltanu (vyš. chřipky nebo jiných respiračních virů) odebrat do speciálního transportního média – na vyžádání vydá ambulance KIN FN HK
• stěry z děložního čípku na vyšetření HP odebrat pomocí sterilního kartáčku a uchovat v transportním médiu – na vyžádání dodáno laboratoří
• tkáň, bioptický vzorek – odebraný vzorek vložit do sterilní zkumavky na sucho či do minimálního množství sterilní vody, nepoužívat formaldehyd! (není možné provést PCR z důvodu inhibice polymerázy), okamžitě dodat do laboratoře nebo zamrazit při teplotě - 70°C, event. - 20°C
• plodová voda - 2 – 10 ml ve sterilní zkumavce či odběrové stříkačce, prosíme bez jehly
• parafínový bloček - nutno dodat tenké řezy (3-5) ve sterilní zkumavce, vyšetření není možné provést z celého bločku
• odběry jiných materiálů je možné konzultovat s úsekem molekulární biologie ÚKBD (495 833 866)

Odběr, transport a stabilita

• správný odběr musí být proveden asepticky (za sterilních podmínek) z důvodu možnosti kontaminace biologického materiálu
• stabilita DNA/RNA mikroorganizmů v biologickém materiálu obvykle 5-7 pracovních dní, materiál je vhodné transportovat či uchovávat v chladnici
• vzorek musí být vždy opatřen žádankou pro molekulárně biologická vyšetření (MB) nebo průvodním listem. Materiál a žádanka musí být jednoznačně čitelně identifikovány (rodné číslo, jméno, příjmení, diagnóza, datum a čas odběru, adresa žadatele včetně IČP, telefon a požadovaná vyšetření) dle všeobecných pokynů, vhodné je i vyplnění doplňujících informací na druhé straně MB žádanky, viz kapitola C 07 a D 01.
• při označení vzorku a žádanky STATIM je vyšetření provedeno v co nejkratším možném čase. U těchto vzorků je nezbytná předchozí telefonická konzultace s VŠ pracovníkem úseku (Mgr. Radka Bolehovská, Ph.D, Mgr. Rudolf Kukla, Ph.D., Mgr. Petra Česáková,  Mgr. Kristýna Millichová, Mgr. Zlata Hušková, Mgr. Jakub Ondrouch) na telefonu 495 833 894.
• v případě jakýchkoliv nejasností vždy kontaktujte úsek molekulární biologie na telefonu 495 833 866 nebo 495 833 894.

Podrobnější informace (odběr, stabilita, transport, preanalytická fáze,doba odezvy, atd.) týkající se vyšetření jednotlivých patogenů jsou uvedeny na tomto webu u jednotlivých metod.